Ông Hoàng Xuân Quế không công nhận 3 cuốn luận án mà tổ xác minh của Bộ GD&ĐT đã tiến hành thu thập trong quá trình giải quyết tố cáo, khẳng định đó là những cuốn luận án mạo danh tên nghiên cứu sinh Hoàng Xuân Quế.