Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác phòng chống tham nhũng tại Thành ủy TP Hồ Chí Minh còn có những hạn chế, nếu không được kịp thời chấn chỉnh, khắc phục sẽ kìm hãm sự phát triển của TP và tiềm ẩn nhiều nguy cơ tham nhũng.